La Comisión Nacional Salud Investiga busca promover, fortalecer, desarrollar, y orientar la investigación en salud; promover la rectoría del Ministerio de Salud de la Nación en el desarrollo y fortalecimiento de un sistema Nacional de Investigación en Salud clínica y sanitaria, como un proceso de producción del conocimiento, en relación a las condiciones de salud y a las respuestas sociales que se implementan mejorarlas.